Vrazil bych tam disk na kterém máš ty náhradní windows co jedou a přes HD Tune bych otestoval ten podezřelý disk. Benchmark, errorscan a file benchmark. Porovnáš to s tím systémovým a bude to jasný.
Dá se testovat i pouze s tím jedním ale může to být ovlivněné windowsem. Možná odebrat a nainstalovat znovu nforce čipset.
http://www.hdtune.com/