pleteš si operační=pracovní paměť (ram moduly), a pevný disk pro trvale uložené soubory.

pokud by na disku byly chyby v souborovém systému, nesmyslná defragmentace je ještě roznese po disku.
měl jsi naopak použít kontrolu disku nad tím.

windows ti ani náhodou neukazuje všechny soubory - buď proto že jsou některé skryté (koš, cizí uživatelské účty, swap, hibernace ram, adresáře s aktualizacemi), a k jiným nemáš přístup (body obnovení).

i tak je to na pováženou, mít ze 100gb c: volné 3gb je pozoruhodný výkon.
zamysli se co kde máš, a co vyprat ven.