Nevím jak v tvém programu, ale v Gimpu, když chci zrcadlit jen obrázek v jedné vrstvě a ne všechny vrstvy, nejdu do menu obrázek-transformace-překlopit vodorovně ale hledám to v menu vrstva-transformace-překlopit vodorovně.
Případně to můžeš udělat tak, že si tu vrstvu zkopíruješ do samostatného obrázku, tam zrcadlíš a pak vložíš zpět.