Znalec Joomla nejsem. Ale tam se to dělá nějak tak, že to nahraješ na FTP, vlezeš do administrace a tam šablonu nainstaluješ.
Mě se to kdysi v Joomla 0.7 nezdařilo (nevím proč) a tak jsem na FTP nahradil soubory šablony, co už byla nainstalována a pak jí v administraci zvolil.