Udělej si to jak chceš (někdy ti ten systém klekne a budeš muset hezky přendavat disk do jiného PC, kopírovat data jinam a posléze přeformátovat celý oddíl a zase tahat data nazpět). O peklu co nastává při nezálohování a poškození filesystemu už ani nemluvím. Prostě tam udělej jeden 50GB oddíl na systém a zbytek věnuj datům. Jestli si to uděláš jinak, tvoje volba.