Nojo, jenže ty máš navázaný na vstup do buňky, ne na výstup ("deaktivaci").
Zkus to takhle:

<script>
function celkem(){
var ks = document.getElementById("ks").value;
var pocet = document.getElementById("cena").value;
document.getElementById("celkem").value = ks * pocet
}
</script>
<table>
<tr>
<td><input type="text" name="pr_nazev" id="nazev"></td>
<td><input type="text" name="ks" id="ks" onChange="celkem();"></td>
<td><input type="text" name="cena" id="cena" onChange="celkem();"></td>
<td><input type="text" id="celkem"></td>
</tr>
</table>