jako první věc udělej to, že na disku zrušíš všechny oddíly - formátování opravdu samo o sobě stačit nemusí. Vista i W7 mají nový systém zavádění OS po vzoru Linuxu, kdy startují z malého cca 100MB oddílu, a tam bych viděl problém (dá se to řešit i bez mazání oddílů, ale to je složitější).

edit: pozor, pokud mažeš oddíly, nezapomeň zálohovat všechna data, včetně případných datových oddílů, abys v případě, že smažeš i tyto, nepřišel o data.