Uznávám že začátečníka to může plést.
Ale není špatné si na to zvykat u čistě PHP souborů.
Upřesnil bych to na amatérské PHP programátory (a to nemyslím ve zlém). Každý lepší programátor se snaží oddělit aplikační logiku od šablon. Nejlépe respektováním MVC/MVP vzoru.
Dost často se ale právě PHP kód nachází uvnitř HTML kódu ...