Možná problém se SATA ovladačem.
Něco k tomu píšou tady (i když pro Win XP)
http://www.amilo-forum.com/topic,26,-Installation- of-Windows-XP-Home-Pro-PE-FAQs.html
Zkusil bych taky disk nejdřív naformátovat na NTFS, např. pomocí UBCD. Možná se instalátoru Windows nelíbí linuxový zavaděč a filesystém.