Soubor/Nový - Pokročilé volby - Vyplnit s: Průhlednost. Pak do toho vlož obrázek pro úpravy. Guma by pak měla gumovat na podklad - tedy na průhlednost. (Vložení obrázku - otevřeš zvlášť a Ctrl+C, Ctrl+V vložíš do připraveného s průhledností.)

Edit: Tak ještě jinak, otevři obrázek, zvol Vrstva/Průhlednost/Přidat Alfa kanál. Pak to bude gumovat do průhledna. (© synátor, vynadal mi, že to dělám blbě. )