Na zvolené kartě stačí v nabídce rozšířené zatrhnout volbu "Propagovat vymazání".
Poté při synchronizaci dojde k vymazání souboru, který se už nenachází v jedné ze synchronizovaných složek.
PS: doporučil bych si tuto volbu "nanečisto vyzkoušet" na nějaké "nedůležité" složce