Boha... Když už to chceš provádět instalačkou Windowsů, nechej tam pouze ten disk, který přeformátovat chceš (ve tvém případě ta třístovka). Zruš a znovu založ partišnu, naformátuj (a v instalaci nepokračuj). Pak připoj původní disk jako Master (či co to tam máš) a normálně funguj s druhým coby Slave.