a napsala ... tu složku WINDOWS na " C "

to není dobrý nápad.
bohužel ta předvolená/dobrá(?) verze je opravdu v tomto adresáři:

[boot loader]
default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\C

ale doufat, že všechny aplikace spoléhají na systémové proměnné..

C:\> set
...
SystemRoot=C:\C
windir=C:\C

..a nepůjdou do nesprávného adresáře \WINDOWS - to mi připadá odvážné.

můžeš nejdřív v souboru boot.ini zrušit ten výběr 2 systémů - buď odmazáním celého řádku 'multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Micro soft Windows XP Professional" /noexecute=optin /fastdetect', anebo nastavením času výběru na nulu: 'timeout=0'.
když nastartuješ v pořádku, můžeš adresář vadných windows přejmenovat:

C:\WINDOWS -> C:\WINDOWS_old

a když ho na nic nebudeš potřebovat, můžeš "old" adresář časem smazat.