Programy se neztratí, ale v drtivé většině nebudou fungovat (hlavně ty větší a složitější).

Přiznám se ale, že stále nechápu, co všichni máte s těmi neustálými reinstalacemi (i když ta naivní otázka týkající se instalace je asi velmi samopopisující). Od WinXP/2000 není vůbec důvod Windows reinstalovat, pokud uživatel není prase.

A co se děje při instalaci programu (zejména):
- kopírují se soubory
- přidávají se/mění se registry
- registrují se knihovny a ovládací prvky aplikace
- přidávají se služby
- dělá se záznam v databázi microsoft installeru (což je defacto zase větev registru)
- přidávají se a modifikují ikony (jak v profilu uživatele, tak v profilu "all users")