záleží čo mieniš tvoriť,do 64-bit os si doinštaluj obidve verzie a máš po problémoch,aplikácie vytvorené v 64-bit jave spustíš len v 64-bitovom prostredí,32-bitová java je univerzálnejšia,ide spustiť v 32/64 bit prostedí,ale má pamäťové obmedzenie 32-bit prostredia....skôr si daj pozor aby si na platforme intel neinštaloval javu určenú pre amd a opačne,na pc s viacjadrovým amd procesorom neinštaloval i586-jdk inštalačky