přesně tak. Je třeba si uvědomit, že Java aplikace NEJSOU kompilované, ale interpretované (no, popravdě je to trochu složitější, nicméně java aplikace napsaná třeba na Linuxu 64bit poběží -pokud nevyužívá specifických vlastností platformy- i třeba na 32bit Windows).

CO se týká dotazu: záleží na tom, co chceš s tou javou dělat. Pokud je to na vývoj aplikací, pak klidně 64bit verzi (má-li tazatel 64b OS). Pokud je to pro integraci do prohlížeče (JRE), pak je třeba taková bitová verze, v jaké je přeložen prohlížeč. Tzn. např. pro klasický FF je to 32bit verze. Pro 32b IE zase 32b verze. Pro 64b IE pak 64b verze.