Mám externí disk, jak mám úplně všechno zálohovat kromě systému? Potřebuju aby tam všechno zůstalo, jak bylo, jen přeinstaluju Windows.

normální lidi zásadně oddělují logický disk se systémem + aplikacemi, a datový disk (to čemu w7 říká "knihovny"). záloha/obnova/změna systému jsou pak triviální.

ale i u nerozděleného disku to má řešení (pokud na nic nezapomeneš): acronis true image místo volby "záloha disků" nabízí i "zálohu souborů"

Teď potřebuju poradit, jak najít opět všechny soubory(změny) od toho datumu

například příkaz xcopy (/?):

xcopy co adresář_kam /d:9-5-2011

Když dám zálohovat data v tom Acronisu, bude to zahrnovat i tu systémovou chybu?

co je tvoje systémová chyba? vadná od/instalace? chybějící služba?
jestli nespustíš ani nouzový režim, soubory z prohlížeče událostí C:\WINDOWS\system32\config\*.evt jinde nepřečteš? třeba bys na to došel co je špatně.