Zkoušel jsem to a funguje to.... ale je to takový poměrně těžkopádný a dle mýho názoru i nebezpečný řešení.

Pracuje to na principu, že se příkazem DIR vytvoří seznam všech adresářů a ten se přesměruje do souboru s příponou BAT. Pak se otevře třeba ve Wordu a pomocí funkce Najít&Nahradit se před každý adresář vloží "RD", což je příkaz pro odstranění adresáře. No a pak už se jen takto vytvořená dávka spustí, prázdné adresáře se odstraní a neprázdné hodí chybu a jsou přeskočeny...

Ale to už bych osobně radši použil nějakou utilitu, která je přímo k tomuto účelu určena.