Jakou máš verzi IE ve které to zkoušíš?
V css piš jednotky např.:<div style="width: 400px"> nebo <div style="width: 75%">.

1/na 49 řádku máš " <div id=kontajner>" vyjmi to a dej to na 28 řádek (" <!-- Lišta s reklamou --> <div id=kontajner>"). Musíš css nastavit na všechny prvky, tento prvek je z toku vyjmut.

2/zkusil bych ve stylech (79 řádek )zrušit border: 1px solid black; (sice to není to co chceš, ale bude to všude stejné). Jinak v Chrome a Mozille mi to přijde stejné (tedy až na ty rozměry)

3/délka objektu v IE je width + padding v Mozille je to pouze width http://www.jakpsatweb.cz/css/padding.html a ještě se ti něco nevejde do objektu menu_vertical, ale to jsem nezkoumal co se ti tam nevejde.
Takže trochu prasácké řešení: na 76 řádek (v index.html) dej <div class=menu_vertical style="Overflow:hidden">
A v style.css v .menu_vertical zruš padding:5px 5px 5px 5px;
Tato změna ti umožní, aby se to zobrazovalo správně odsazené (lorem ipsum...) (ještě tam někde máš ztučnění textu, ale to jsem nehledal),
zároveň ti poškodí to tvoje menu vlevo. Tam bych buď použil Margin nebo div, prostě si s tím musíš pohrát.

4/nastav výšku, Mozilla nezná výšku elementu nebo tam dej &nbsp; ( <div class="obsah_obalovaci_konec" style="clear: both">&nbsp;</div>)