Pokud jsou ty adresáře mimo public_html, nejdou smazat pravděpodobně proto, že pro to nemáš oprávnění. Nechám stranou, jak se ti je podařilo nakopírovat na server mimo složku public_html. Mě se něco podobného povedlo kdysi taky a taky nevím jak. Napiš poskytovateli mejla a popros je, ať je smáznou. Určitě nebudeš první. Ale nedělal bych si s tím hlavu, na 99% ničemu nevadí a když je tam necháš, taky se nic nestane.
edit: Koukni, jaký je u těch souborů uživatel, pokud je 65534, tak s tím nehneš, pokud je 1208, měly by jít smazat.