nějak jsem si nevšim že bys tu za celou dobu vypsal, které disky/cd jsou spolu na stejných kabelech (u ide), a jaké jsi u nich zjistil aktuální režimy.

další může být: co za procesy ti běží v paměti, kolik %procesorového času si berou, jestli jde o procesy a služby které zároveň lezou na net a brzdí ti tak i síťový provoz.
nějaké problémy by se daly vypozorovat i z většího množství chyb v prohlížeči událostí (eventvwr.msc)

taky nepíšeš kolik antivirů a spyware máš současně spuštěno, i takové případy se stávají.

nezmiňuješ se blíž o své hw konfiguraci - novější bez problému, nebo starší s jednojádrem, malou ram, pomalým diskem.

jakkoli nevěřím na stále dokola defragmentované disky nesmyslnými čističi a tuneupy, nechávám systémový disk v přiměřené kondici i tím, že mu nezhoršuju fragmentaci ucpáváním míst a roztahováním přes desítky giga, protože na systémový disk necpu uživatelská data (tuny filmů, mp3, ...), které tam nemají co dělat.

to všechno může být špatně.