pokud exportuješ "automaticky" pomocí nějakého černokněžníka, tak je to stejně jedno, optimální to nebude nikdy. Z hlediska accessu je to fuk, je to souborově orientovaná databáze (každý klient otevírá a modifikuje rovnou soubor databáze). Z hlediska SQL bych osobně stejně jen přesunul jen data (tabulky) a případné queries už dělal rovnou v MSSQL.