Píšeš o souborech - tzn. o názvech souborů - např. index.php je název souboru.
Pokud píšeš o obsahu stránek (nebo o obsahu těch souborů), tak platí rada od Jan Fiala o charsetu stránky (viz http://www.jakpsatweb.cz/cestina.html).

Pokud jsi někde na FTP serveru viděl v názvech souborů diakritiku nebo mezeru, tak sem dej na takový obsah odkaz.