A to tam nemáte nějaké oddělení, které se stará o tuto oblast?!
Naprosto normální je nepoužívat v názvech souborů diakritiku! Pokud klient, který uloží nějaký soubor na ftp server používá stejnou znakovou sadu jako klient, který to posléze "čte", pak by snad nemusel být problém. Stejně tak nechápu, proč používat webového klienta na komunikaci s ftp serverem.
http://ftp.sh.cvut.cz/WEB/- možná inspirace...

- nezmíněn os na straně serveru. Ač použití FileZilly by mohl napovědět, že redmodnský...
- nezmíněn os na straně klientů.