Problem je pravdepodobne na strane servera, ktory pouziva pri zobrazovani cez web nekompatibilny znakovy kodek. Rieseni je niekolko. Bud v konfigu servera nastavis spravnu znakovu sadu (napr UTF-8), ktoru snad pochopi aj blby IE, pripadne upgradnes IE ak tuto znakovu sadu pouziva server.
Druha moznost je pouzivat namiesto Filezilly iny ftp server, na trhu je ich milion, vacsina z nich vie fungovat pod jak pod linuxom tak pod oknami.