Problém vyřešen!
Dělal to jeden zajímavý program - Internet Download Manager. Kvůli tomu jsem musel obnovovat starou zálohu z listopadu 2010. Ale dává to smysl. Po instalaci se "zažral" do systému poměrně dravě, neptal se jestli ho tam chci. A vzhledem k tomu, že se dostal až k síťovému připojení, tak ani nemusel být spuštěn aby páchal škodu (to vysvětluje sekání v nouzovém a diagnostickém režimu).

I když ho z původního systému stačilo odinstalovat a vše jelo jak má, asi si nechám ten přeinstalovaný, protože přestože jsou nainstalovány ty stejné programy, zabírá o 2.5GB méně, tedy 7.14GB

Zatím jsem nezjistil co přesně v IDM to způsobuje, ale pokud si nechcete nadělat trable, tak se mu doporučuji obloukem vyhnout. Navíc za 25$ je to pěkný dáreček
JDownloader je sice podobná liga, ale ten dělá trable jenom když jede a ne když je vypnutý.