2-diskový pc: 40gb budoucí systémový disk zapoj fyzicky jako první = primary ide channel, master.
u sata disků by se zapojil do konektoru na desce s nejnižším číslem.

instalačka windows na něm vytvoří primární oddíl (a měla by ho označit jako aktivní = bootovací). ve tvém případě nevelkého disku a touze po instalaci her už bych ho dále nedělil.
první zálohu systému provést po vytuněnní systému a nainstalování aplikací - před instalací první hry.