To je jednoduché. Pokud jde o disky s rozhraním PATA (široká kšanda), je vhodné oba disky zapojit jako master (na konec kšandy). Nastavení master/slave se dělá jumperem na disku. Pokud má deska jen jeden PATA konektor, tak alespoň systémový disk zapojit jako master. Disky SATA stačí jen připojit a nic víc řešit netřeba.