1. Potřebuješ nástroj na zjištění vlastností videa, informace o médiu.
může to vypadat takto z programu MPC HC, ukázka je obrázek z tohoto webu: http://hardforum.com/showthread.php?t=1577254
Možná najdeš společný znak problému.

2. Nástroje na opravu, u AVI to je DivFix, MKV má projekt Meteorite. Někdo opravuje MKV stylem kontejner rozbít každý prvek (video, audio, titulky,....) do samostaného souboru a soubory potom znovu spojit do jednoho fajlu, na to je aplikace MKVToolnix (samozřejmě s GUI, pak je vše triviální, stačí číst nabídky programu).