objevil jsem toto, ale zda je to opravdu funkční nevím... pamatuju že nikdy naráz dva a více účtů mě nešlo.

- klikni pravým na plochu
- dej Nový -> Zástupce
- jako umístění položky tam zkopíruj tohle:
"C:\Program Files\Skype\Phone\Skype.exe" /secondary
(bacha, uvozovky jsou tam důležitý)
- v dalším kroku pojmenuj jak chceš (třeba skype 2) a potvrď
pak už jen stačí na ploše poklikat na tohoto nového zástupce a rozběhne se ti druhá instance skype