úplně špatně. při instalaci nového systému tam nesměl být starý disk s hotovým zavaděčem w7 - buď s nižším číslem sata portu, nebo biosem přednastavený jako bootovací.
v normálním partition manageru bys viděl co ti tam vzniklo.

- odpoj disk co budeš reklamovat,
- připoj nový do nejnižšího čísla sata portu: podle popisu na desce nebo v manuálu.
- v biosu zkontroluj že disk vidíš: že na prvním místě z disků není usb čtečka, ani třetí hdd
- oprav zavaděč z dvd:

Po vadné instalaci win7 je potřeba nabootovat z instalačního DVD a dát opravit. Přejít do command a zadat toto:
bootrec /RebuildBcd
bootrec /FixMbr
bootrec /Fixboot
Zrestartovat a je to

předpokládám že po správné instalaci bootloadreru to na něj opraví značení aktivního oddílu.

edit:

zda po nastavení neaktivního disku neztratím data?

oprava jde normálním = bootovacím partition managerem. ten ovšem nedoinstaluje na nový disk chybějící bootloader.

ke ztrátě dat z disku nedojde. ale kdybych měl přísahat že ti věřím, že při tak jednoduché operaci nic nezformátuješ a nepřepíšeš, tak ti vůbec nevěřím.
naštěstí píšu že máš ten disk odpojit, a už nikdy ten vadný disk nepřipojovat v pořadí jako první.
ty ho tam připojíš stejně.