1) potřebuješ aspoň jednou v životě po restartu zažít, že tvůj nový disk bootuje správně a je schopen samostatného života. proto musíš odpojit starý disk. tím pádem tě prozatím přestane zajímat příznak disku 0 - z odpojeného disku nic nezmizí.

já mám podezření, že jsi na nový disk (díky špatnému zapojení disků) vůbec bootloder nenainstaloval - to uvidíš po restartu že windows nenaběhnou, anebo v normálním partition manageru.
i správa disků by ti dva bootovatelné oddíly ukázala, ale nic jsi nehlásil.

takže nic nebootuje, nudná nebo žádná chybová hláška.
vrazíš tam dvd, restart, ...
teď se rozpomeneš, že jsi pořád nový disk nezapojil jako PRVNÍ. zas ten blbý krám vypneš, a KONEČNĚ ho zapojíš dobře.
2) zapneš, opravíš "bootrec"
po restartu windows naběhnou, nejspíš.
(nebo si "aktivní" na novém disku neopravily ... vrazíš boot partition manager, nastavíš prvnímu oddílu "active", ok, restart)

3) když ti to jede, vypneš krám, zapojíš nesprávný starý disk jako DRUHÝ.
zapneš krám, do biosu, zkonroluješ že druhý disk je vidět jako druhý (ve výpisu disků, v pořadí bootování nebo vůbec)
restart, naběhne to.

je možné že ještě stále mají oba disky nastavený aktivní oddíl. buď se to po restartu samo spraví, nebo to zmákneš partition managerem. na windowsí správu disků bych nespoléhal.