To mi přijde jako nějaký blud. Konverze z FAT na NTFS je naprosto bezproblémová. Jediné co se u některých OS stane je, že se nastaví špatná práva na adresáře (všichni můžou všude atp.) a je potřeba to prohnat šablonama zabezpečení (to ale není bohužel možné s XP Home).
Tohle dělají IMHO hlavně konverzní utility typu PartitionMagic, CONVERT od Microsoftu myslím nastavuje práva rozumně.
Edit: šifrování funguje určitě