Sám říkáš, že "ve Windows 2000 to funguje". No a já používám ve Windows XP vyhledávání z Windows 2000, jak už jsem psal. Používat ono defaultní "psí" vyhledávání by mne ani nenapadlo a v tom se shodneme.
Indexovací služba je v XP zřejmě proto, že byla ve Windows 2000. Tam měla smysl jako dopněk IIS, který je ostatně i v XP Professional. Jako indexovací engine pro IIS má význam - nemusíš si psát vlastní indexovací engine pro dokumenty, které skrz IIS hostuješ. MS v podstatě předpokládal, že kdo bude uvažovat o reálném nasazení, napíše si vlastní frontend - ten co je k indexovací službě je asi něco jako je Notepad mezi textovými editory.
Myslím, že bundlování s XP Home vymyslel nějaký bezmozek a default nastavení "psího" vyhledávání také. Ale paušálně tu technologii odsoudit znamená, že nezkušený admin IIS bude o indexování vědět jen to, že to má vypnout a bude hledat nějaké drahé řešení třetí strany.