Je to problém kódování titulků. VLC má standardně nastaveno system default - což většinou funguje. Zkus nastavit CP1250. Menu File - Open File - zaškrtnout subtitle options - tlačítko settings - subtitle encoding. Zřejmě dochází k tomu, že se nezobrazí ty titulky, kde je alespoň jeden znak s diakritikou :)