Tak zkuste, jestli to pomůže. Mám Linux Kubuntu 6.06 a VLC 0.8.4 a opravdu se mi zobrazují jen ty části textu, kde není diakritika. Změna kódování pak problém vyřešila. VLC pravděpodobně zjistí, že lokální nastavení je UTF-8, ale titulky mívají často jiné kódování. Ve Windows bude asi jako kódování standardně ISO-8859-2. A kromě toho dnes vyšel článek o VLC na abclinuxu.cz, kde se titulky řeší: http://www.abclinuxu.cz/clanky/multimedia/vlc-3-fil try-a-titulky