Použil bych příkaz robocopy s parametry /e (včetně podsložek) /move (přesun). Na zabíjení procesů lze použít pskill, ten ale standardně není součástí Windows (lze stáhnout ze stránek MS), nebo lze zabíjet pomocí wmic - např. pro zabití poznámkového bloku (notepad.exe): wmic path win32_process where name="notepad.exe" call terminate
Syntaxe a významy parametrů příkazů si raději ověřte a prostudujte, píši z patra :)