v první řadě si zkontroluj, zda ten disk je nastaven v BIOSu jako bootovací.
V druhé řadě, pokud nic z toho nefunguje, odpoj ostatní disky a na tom, který má nést WIndows smaž všechny oddíly (zálohuj!) a teprve poté instaluj.

Předpokládám, že instaluješ na moderní desce a neřešíš problémy starého čipsetu s mixem SATA/PATA.