Pokud se najednou nezformátuje disk celý, není nikdy zaručeno, že tam někde nějaká breberka nezůstane. Klidně smažte oddíly C a D přímo v instalačním programu Windows (tím zaručeně na oddílu nezbude nic). Následně je vytvořte tamtéž znovu. To bude pro vás asi ten nejlepší postup. Disk E to samozřejmě neohrozí.