logicky vzato, počítáš to, co chceš mít, tj. počítáš-li std. chybu průměrů, logicky jako základ statistických dat budou průměry.

P.S.: statistiku jako předmět jsem absolvoval už před 7 lety (ale na výbornou) a extrémně ji nepoužívám, tak si z toho udělej medián

edit: průměry také nepočítáš z celého měření (také by to šlo, ale ty to máš postaveno jinak), ale pouze z dané sady...

P.S.: statistika je v zásadě matematické falšování pravdy pokaždé si můžeš statistiku (nad týmiž daty) postavit jinak a vyjdou ti jiné výsledky. Důležitá je interpretace!