Ano druhý HDD je plně funkční s jednou logickou jednotkou.
Jestliže došlo k chybě při instalaci, pak doinstalací SP3 se to jistě neopraví. Je mi ale divné jak by k tomu mohlo dojít. Windows mám jasně nainstalovaný na oddílu C.
To jak píšeš, že při reinstalaci se ve tvém případě vždy objeví D-OS a C-data tak tomu nerozumím. Jinak rozdělení disku na minimálně dva oddíly z nichž na jednom je OS (C) a na druhém jsou data (D) je všeobecně doporučovaný.