Mít natvrdo seznam kapitol v textovém souboru je hodně nešťastný nápad. S tím už se těžko něco dělá. Když už používáš PHP, tak přece není problém ten seznam vygenerovat v cyklu. A při tom generování si jenom kontroluješ, jestli jde o aktuální kapitolu, a podle toho tam buď dáš odkaz, nebo jenom text.