Asi by bylo potřeba začít od začátku...co je to za základní desku a typy rozhraníí (IDE/SATA) obou disků.

Po připojení druhého HDD (normálního WD) na konektor sata2 se "kousne" windows při načítání a nereaguje.

možné příčiny
-disk není prázdný
-disk je vadný
-startuje to z připojeného disku
-disk není kompatibilní s deskou například je sata III a řadič jej nenadetekuje.

Začal bych tím že bych odpojil původní disk a zjistil jestli to nový (sata to je to jediný co jsi o něm napsal) zdetekuje do biosu. A pokud je prázdný klidně na něj můžeš cvičně nainstalovat Windows.