To, co popisuješ, tak to jenom svědčí o tom, že zdroj nějaká napětí dodává - nemusí vyhovovat elektronice (napětí mimo tolerance, zvlnění ...), ale motorky jsou z něho nadšené . Rozhodně to neznamená, že by s daným zdrojem byl počítač schopen funkce (může být, ale nemusí, prostě to nic moc nedokazuje).
Ohledně těch -5V: Kdysi, v dobách sběrnice ISA (což je tvůj případ) to bylo důležité napětí, které dodával zdroj a jehož přítomnost byla kontrolována. Když nebylo -5V (nebo -12V, nebo +5V, ...) tak deska prostě nejela. Časem se zjistilo, že u modernějších desek toto napětí k ničemu není a tak byl vyňato ze specifikace a novější zdroje je prostě nedodávají (viz chybějící pin na hlavním napájecím konektoru - tam bývávalo -5V). Když tento modernější zdroj připojíš na starší desku - tedy tvůj případ, tak deska zjistí, že nemá potřebná napětí a nerozběhne se.
Toto napětí se dá, samozřejmě, dodatečnou úpravou na desce (do zdroje asi nepolezeš) vyrobit z -12V, buď pomocí odporu a zenerovy diody, nebo lineárním stabilizátorem záporného napětí typu 7905. Nevím už, bohužel, jak velké jsou nároky na odběr z tohoto napětí, myslím ale, že nebudou velké, spíše symbolické.
...................................
Dodatečně: Koukám ale na štítek tvého zdroje a ty tam těch -5V, zdá se, máš. Takže mé dlouhé vysvětlování je na ... no, však víš, na co!