No, ale NTFS bootování z flashky nezastaví (já jsem FAT32 neviděl, ani nepamatuji - a že mám kolem sebe bootovacích flashek a USB disků!).
Na vytváření těchle záležitostí používám program RMPrepUSB a z něho grub4dos (grldr). V tomto případě může být flash (nebo disk) NTFS a ani se nemusí tímto programem formátovat - nepřijde se tedy o data.