Chápeš to, Pavle, špatně. Když vezmu tvůj postup, tak (pro přehled oddíly do závorky pojmenuji):
1) Nabootuješ jen s interním diskem a máš C:(system) a D:(data)
2) Přidáš externí a máš C:(system), D:(data) a E:(externí), protože D: je již obsazeno (a zapsáno) a systém Windows přidělí nejbližší volné písmeno.
Ale dejme tomu, že se ti to přiřazení nelíbí a zaměníš oddíly Data a Externí mezi sebou, takže vznikne C:(system), D:(externí) a E:(data). Když nabootuješ bez externího disku, tak vznikne C:(system) a E:(data). Písmeno D: zůstane neobsazené. To se ti nebude zdát, neboť to nebude sen, ale skutečnost.