Hm, používám Avidemux 2.6.10 na Linux Mint 17.1, 64bit, pro zpracování streamů z kamery Panasonic HDC-SD9, jsou v kontejneru m2ts (full HD, 6ch. AC3). Pravda je, že rozhodně ne tak velké soubory, největší, co jsem kdy zpracovával, měl do 1GB. Bez problémů.
Ale nejsem takový znalec, abych mohl poradit, co s tím...