Já CCleaner používám léta (a na mnoha strojích) bez sebemenšího škodlivého účinku (samozřejmě, do registrů nelezu ani s ním, ani s ničím jiným, pouze Regeditem, kdy vím, co dělám). CCleaner je bubák, kterým straší někteří zkušení nezkušené, ale reálné škodlivosti nemá.
P.S. Ten můj návrh na odstranění Cmd.exe - to byla ironie.