Ja používam PlantUML. Môžeš si to vyskúšať priamo onlajn a existuje na to aj kopa pluginov do rôznych aplikácií.

Výhoda je, že diagramy píšeš v textovom tvare, takže sa s tým dobre pracuje - jednoducho vieš porovnávať zmeny, funguje to dobre s gitom alebo SVN. Nevýhoda je, že nemáš úplne pod kontrolou rozmiestnenie elementov, takže stredne veľké a väčšie diagramy sa v tom robia ťažšie tak, aby vyzerali presne podľa predstáv.

Môj názor je, že diagramy nemajú byť príliš veľké a ak taký prípad nastane, tak ich treba rozdeliť do menších, takže s týmto tak často problém nemám.