V čem nakreslit návr aplikace

Ja používam PlantUML. Môžeš si to vyskúšať priamo onlajn a existuje na to aj kopa pluginov do rôznych aplikácií.

Výhoda je, že diagramy píšeš v textovom tvare, takže sa s tým dobre pracuje - jednoducho vieš porovnávať zmeny, funguje to dobre s gitom alebo SVN. Nevýhoda je, že nemáš úplne pod kontrolou rozmiestnenie elementov, takže stredne veľké a väčšie diagramy sa v tom robia ťažšie tak, aby vyzerali presne podľa predstáv.

Môj názor je, že diagramy nemajú byť príliš veľké a ak taký prípad nastane, tak ich treba rozdeliť do menších, takže s týmto tak často problém nemám.

Nevím, jestli má smysl zacházet až do definice tříd. Tohle má smysl pouze v případě, kdy pak aplikaci udržuješ v UMS nástroji a zdrojový kód generuješ. Jinak je to pak dvojí práce - udržovat kód a udržovat diagram.
Většinou si vystačíš s Use Case diagramem, kde si ujasníš chování aplikace z pohledu uživatele, dohodnete si procesy apod.
Návrh aplikace co se týká tříd apod. už pro uživatele není, může sloužit jako dokumentace při programování na zakázku, ale stojí to spoustu práce, kterou musí zákazník zaplatit.